Theo đại diện Bộ Ngoại giao, Nghị định số 12 có nhiều điểm mới, trong đó Bộ Ngoại giao sẽ là cơ quan đầu mối, chịu trách nhiệm về các hoạt động, cấp, gia hạn, sửa đổi và bổ sung các loại giấy đăng ký hoạt động, đăng ký lập văn phòng dự án và văn phòng đại diện tại Việt Nam cho các tổ chức PCPNN. Nghị định này cũng quy định rõ hơn về hợp pháp hóa lãnh sự đối với hồ sơ lập văn phòng, lý lịch tư pháp của nhân viên làm việc cho tổ chức PCPNN; thời gian làm thủ tục cấp các loại giấy đăng ký được rút ngắn hơn (45 ngày cho cả 3 loại giấy đăng ký và 30 ngày đối với gia hạn, bổ sung); thời hạn của giấy đăng ký hoạt động và giấy đăng ký lập văn phòng được nới rộng hơn ( 03 - 05 năm); miễn thuế thu nhập cá nhân đối với một số đối tượng cụ thể có thời hạn; thời gian không hoạt động làm cơ sở xem xét cho việc đình chỉ và chấm dứt hoạt động của tổ chức PCPNN là 12 tháng, đồng thời nêu rõ chủ trương khuyến khích các hoạt động viện trợ nhân đạo và phát triển tại Việt Nam. Bên cạnh đó Nghị định cũng quy định rõ trách nhiệm, quyền hạn của các cơ quan quản lý nhà nước và Ủy ban công tác về các tổ chức PCPNN trong công tác thanh tra, kiểm tra và xử lý các khiếu nại, tố cáo tạo sự chủ động, linh hoạt hơn trong quản lý, theo hướng tạo điều kiện thuận lợi cho các tổ chức PCPNN đến đầu tư, tài trợ tại Việt Nam.

 Hội nghị đã tập trung thảo luận một số nội dung quan trọng, những điểm mới và những khó khăn, vướng mắc trong triển khai thực hiện nhằm đóng góp ý kiến cho việc xây dựng Thông tư hướng dẫn thực hiện Nghị định mới. Trong đó đặc biệt nhấn mạnh vấn đề xác định cơ quan đầu mối ở địa phương; trách nhiệm của các địa phương trong việc kiểm tra, giám sát và đánh giá hiệu quả hoạt động của các tổ chức PCPNN theo hướng lấy chất lượng viện trợ làm cơ sở cho việc đánh giá; bám sát 5 nội dung quy định các tổ chức PCPNN không được vào hoạt động tại Việt Nam làm cơ sở cho việc cho ý kiến về việc cấp các loại giấy đăng ký hoạt động, lập văn phòng dự án, văn phòng đại diện của các tổ chức này tại Việt Nam. Ngoài ra Hội nghị cũng bàn về việc nghiên cứu xây dựng cơ chế phối hợp giữa Uỷ ban công tác về các tổ chức PCPNN với UBND cấp tỉnh, thành phố và các cơ quan đầu mối ở địa phương cũng như cơ chế phối hợp của cơ quan đầu mối ở địa phương với các cơ quan khác trong thực hiện quản lý hoạt động của các tổ chức PCPNN.